PCR擴增時加入的引物利用熒光素進行標記，使引物和熒光探針同時與模板進行特異性結合，擴增結果通過熒光信號采集系統(tǒng)實時采集信號并輸送到計算機分析處理系統(tǒng)，實時輸出量化結果，這樣的PCR儀叫實時熒光定量PCR儀。
(1)金屬板式實時定量PCR儀
可作為普通PCR儀使用
可帶梯度功能
可容納的樣本量大，無需特殊耗材
溫度均一性欠佳，有邊緣效應，標準曲線的反應條件難以做到與樣品全一致
(2)離心式實時定量PCR儀
溫度均一性較好
使用的是同一個激發(fā)光源和檢測器，隨時檢測旋轉到跟前的樣品，有效減少系統(tǒng)誤差
可容納樣品量少，有的需用特殊毛細管作樣品管，增加了使用成本，也不帶梯度功能
(3)各孔獨立控溫的定量PCR儀
不同樣品槽分別擁有獨立的智能升降溫模塊，各孔獨立控溫，適合多指標快速檢測。
SmartCyclerⅡ的軟件允許一臺儀器同時操作六個樣品模塊，既滿足高速批量要求，又能靈活運用，還可實現(xiàn)任意梯度反應。
SmartCyclerⅡ上樣不如傳統(tǒng)方法方便，而且需要有的扁平反應管，使用成本較高。
